魔石原来是由生命之流凝聚而成，在当中还封有古代种的知识。
到达了魔晄炉后，为了保证机密信息，蒂法和一名神罗士兵留在了外面，而萨菲罗斯和克劳德进入了设施里面。
调查完有问题的地方进行了修复后，克劳德发现在魔晄炉周围罗列着充满了魔晄液体的卵型培养仓。
而在仓里都是化为了怪物的人型生物，惊讶的克劳德说这可能是怪物的雏形，神罗暗地里通过使用魔晄能量大量的制造各种怪物。
但萨菲罗斯则发现了其中的关联，神罗战士本身是通过让人体接受大量的魔晄辐射而产生的，也就是说神罗战士和怪物也没什么区别。
那神罗战士中最强的萨菲罗斯，以及其他的一级特种兵，是不是已经不是人类了呢？
失踪的杰内西斯是不是也发现了什么？
这一瞬间萨菲罗斯突然变的愤怒了起来，在回到尼布尔海姆村后，萨菲罗斯来到了村子郊外的神罗别墅，发疯似的不断阅读留下来的研究资料。
然后某一天神罗士兵向克劳德说萨菲罗斯的样子不太对，急忙赶到别墅最底层的克劳德看到了萨菲罗斯。
这个时候的萨菲罗斯跟以前一样冷静，但却给人一种十分压抑的感觉，随后萨菲罗斯走出了别墅，开始了一场屠杀。
而蒂法的父亲也是被杀害了的村民之一，同时蒂法自己也被萨菲罗斯所砍倒。
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